תחנת העמקים מהווה שפ"ח – שרות פסיכולוגי חינוכי, עבור המועצות האזוריות עמק המעיינות והגלבוע.
בתפקוד זה היא שייכת לרשת שפ"י הארצית המאגדת פסיכולוגים ויועצים חינוכיים במשרד החינוך.
הפסיכולוגים אמונים על נושאי בריאות הנפש במוסדות החינוך למיניהם ופועלים בכל מערכות החינוך באזור: גני ילדים, בתי ספר, מוסדות החינוך המיוחד וכן בפנימיות.
סוגי הלקוחות של הפסיכולוג החינוכי הנם מגוונים: מערכות חינוכיות כגופים ארגוניים, מנהלים, מורים וגננות, ילדים והורים.
עבודת הפסיכולוג החינוכי מכוונת לכל אחד מסוגי הלקוחות, לבעיותיו ולצרכיו. העבודה מתייחסת במקביל לשני מישורים:
תהליכים תקינים – התפתחותיים, רגשיים, הוריים, לימודיים, ארגוניים, פיתוח צוותי מורים, פיתוח והשתתפות בצוותים טיפוליים, קידום פרויקטים חינוכיים שהמוסד החינוכי מעוניין בהם, הגברת מודעות הורים לתופעות שליליות ומסוכנות בגילאים השונים, הכנה לצה"ל, תכניות מניעה למיניהן.
טיפול בליקויים ובחסרים – ליקויי למידה, בעיות התנהגות ואלימות, שחיקת בעלי תפקידים, איתור וטיפול של ילדים שעברו פגיעה מינית, איתור וטיפול מיידי בתופעות קשות אצל בני נוער, מצבי משבר חריפים.
הפסיכולוג החינוכי משתתף בתהליכי הכוונה לקבלת סיוע עבור תלמידים בעלי צרכים מיוחדים – הוא משתתף בוועדות השילוב הממליצות על קבלת שירותי שי"ח בגנים, ריפוי בעיסוק, ריפוי בדיבור ושירותים פרה-רפואיים אחרים. הפסיכולוג החינוכי, משמש כחבר הכרחי בוועדות ההשמה אשר קובעות את זכאותם של תלמידים ללמוד במסגרת החינוך המיוחד.
הפסיכולוג החינוכי הנו דמות חשובה בעתות חירום ומשבר ומסייע לצוות להתכונן בעתות רגיעה. הוא פעיל בצוות לשעת חירום של ביה"ס ושותף לרשת החירום הכללית של המועצות.
התפיסה הכוללת של תחנת העמקים מההיבט הפסיכו-חינוכי הנה:
ראיית הילד המתפתח בתוך הקונטקסט הסביבתי שלו – התרבותי, הערכי, המשפחתי.
ראיית ביה"ס כמערכת ארגונית בתוך הקהילה המצויה בקשרים אמיצים איתה.
עבודה מערכתית בחינוך הבלתי פורמלי.
תחנת העמקים מלווה במספר יישובים את צוותי החינוך המטפלים ומדריכים את ילדי היישוב בגילאי 6-18.
העבודה מתמקדת בהדרכת הצוות סביב שאלות מערכתיות, ייעוץ במקרים פרטניים, ייעוץ בשאלות התפתחותיות וסדנאות והרצאות להורים ולמתבגרים.
קיימת תועלת בליווי עקבי למטרות התפתחות ולמידה של הצוות וכן למניעה ואיתור מוקדם של תופעות חברתיות שליליות (סמים, כתות, פגיעות מיניות)
. ניתן גם לגבש תוכנית ייעוץ ארגוני לצוות החינוכי.