תחנת העמקים הגדירה ומפעילה שלושה מסלולי עבודה בתחום הגיל הרך:
- מסלול התפתחותי-יעוצי
מסלול זה מבצע בדרך כלל במערכות הגיל הרך (גילאי 0 עד 6) בישובים עצמם.
הפסיכולוג המגיע לישוב באופן סדיר בפרקי זמן קבועים עורך מעקב התפתחותי ומאתר בשלב מוקדם ילדים הזקוקים להתערבות טיפולית. מעקב זה מאפשר ליווי בעל אופי מניעתי, ייעוצי, וטיפולי לילד ולמבוגרים שסובבים אותו – הורים, מטפלות, גננות, צוות המרפאה וצוות פרא-רפואי. הפסיכולוג פועל גם להפחתת מתחים בתוך מערכות חינוכיות ובין המערכות להורים. חשיבות הבית ושיתוף הפעולה עם ההורים זוכים לדגש מיוחד.
- מסלול אבחוני-טיפולי
ילדים המופנים לתחנה עוברים תהליך הערכה מקיפה לקביעת מדיניות טיפולית. התחנה מציעה שירותים שונים – טיפול אינדיבידואלי, טיפול דיאדי, טיפול משפחתי והדרכת הורים. במידה שיש צורך בטיפול מדיסציפלינה אחרת, הילד מופנה לגוף מטפל מתאים. הפסיכולוג המערכתי יוצר קשר עם הגופים הרפואיים והפרא-רפואיים שמטפלים בילד, וכן מבצע מעקב ותמיכה בתחנה, ומשמש כ- CASE MANAGER.
- ליווי צוותים
התחנה מלווה את הצוותים המטפלים שבמערכות בהדרכה וייעוץ. כמו כן התחנה מארגנת ומקימת ימי עיון, הרצאות וסדנאות לאנשי חינוך ולקבוצות הורים לצורכי למידה והעשרה. דוגמאות: סדנאות למטפלות מתחילות, העשרה למטפלות ותיקות, הדרכת הורים לקראת ילדם הראשון והדרכת הורים של תאומים, שלישיות ורביעיות.