הטיפול בילדים בתחנת העמקים הוא במגוון גישות המותאמות לצרכי הילד והמשפחה, הבעיה המוצגת ונתונים נוספים. נאמנים לגישתנו הקהילתית ולהבנתנו המקצועית, במידת הצורך ובהסכמת ההורים המטפל נמצא בקשר עם הגורמים החינוכיים ואו הגורמים הרפואיים בסביבתו הטבעית של הילד.
צוות המטפלים בתחנה מוכשר ומיומן לטפל בטכניקות שונות כגון:
טיפול אינדיבידואלי
טיפול בעזרת צבע
טיפול דרך משחק (play therapy)
ביופידבק ונוירופידבק
טיפול באומנות (קישור למרכז לאומנויות)
בכל שיטה ההורים שותפים לתהליך הטיפולי באופן ההולם את קשייו של הילד.
תחנת העמקים מקיימת קשרי עבודה שוטפים עם מוסדות החינוך, הבריאות ומומחים ספציפיים בתחומי התפתחות הילד המאפשרים קביעת מדיניות טיפולית מותאמת ויעילה.
הרכב הצוות (הרב מקצועי) מאפשר התייחסות ממוקדת לקשיים הספציפיים של הילד המופנה.